这种扩大僧人的行为，严重威慑了古格王正在进行战争的士兵来源，于是古格王决定采取迫害藏传佛教僧人的一系列行动，没收了喇嘛首领王弟的一些土地和收入，并警告他的弟弟说如果再不悔改广招百姓为僧的做法，就要撤除为他服务的士兵。
后来国王把军官派到各地，用世俗者取代喇嘛首领的地方权力，逼迫大部僧人还俗，致使古格地区五、六千喇嘛减少到不足一百人，生活在山洞里不愿还俗的僧人和极少数高级僧人被压迫得喘不过气来，但古格毕竟是藏传佛教后宏期“上路宏法”
的发祥地，僧人们利用自己的影响进行秘密串联，他们利用古格地区人民厌恶与邻国进行长期战争的惰绪，广泛发动了一般群众，同时还串联了许多地方官员和军队中的军官，伺机起来进行反对古格王、反对传教士及基督教的斗争在一千六百三十年乘安夺德返回果阿和古格王墀扎西查巴德患病之机，发动了大规模的武装暴动，反对古格王支持天主教、消灭佛教，并以前者代替后者。
由于古格僧人的邀请，拉达克王森格郎吉亲自率兵迅速赶到扎布让，包围古格王住的王宫小山。
由于王宫修建在四壁陡峭的山上，有暗道通到东西河边取水，山上的武器，粮食储备克足，城堡坚不可摧，围攻一个多月，因冬季降临包围王宫城堡拉达克军队准备撤退，这时国王的弟弟想出各种方法向古格王劝降，古格王身患重病，又感到国内四面楚歌，大势已去，主动提出议和，表示只要拉达克撤走军队，他就可以交纳贡品。
拉达克王要古格王走出城堡，像属臣那样亲自呈交贡品。
但当古格王走出城堡后，就被拉达克王将他和他的全家抓获，押送到拉达克的首府列城，投入监狱。
古格王的御林军看到古格王、王后及王子等被抓起来，才恍然大悟，知道上当受骗，立即边打边撤退到城堡里，顽强抵抗了一段时间后，才撤出城堡转移到后藏的藏已汗那里去，统治日土地区的古格王亲属也逃到后藏日喀则。
拉达克占领了古格王国全镜。
拉达克王委派他的儿子英达博蒂郎吉去统治古格。
建国近八百年古格王国从此灭亡。
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